|
||||||
 |
||||||
|
||||||
|
|
|
универсальные биочипы для анализа специфичности связывания Исследования лаборатории биологических микрочипов также направлены на развитие и применение метода определение полного набора нуклеотидных последовательностей, которые могут служить мишенями для связывания молекул исследуемого регуляторного белка или лиганда. Эта задача решается in vitro с использованием олигонуклеотидного гидрогелевого generic микрочипа, содержащего все возможные 6-нуклеотидные последовательности, 46 = 4,096. Каждая индивидуальная гелевая ячейка generic микрочипа содержит октадезоксирибонуклеотиды следующей структуры: 5´-{N}N1N2N3N4N5N6{N}-3´, где N1N2N3N4N5N6 - фиксированный центральный 6-нуклеотидного мотив с парой вариабельных нуклеотидов, {N}, по краям ({N} - одно из четырех нуклеотидов, представленных в равных пропорциях). Взаимодействие иммобилизованных олигонуклеотидов микрочипа с исследуемыми объектами (белками) происходит в условиях близких к взаимодействию в растворе, что позволяет регистрировать кривые диссоциации для 46 = 4096 комплексов белок-олигонуклеотид и определять сродство связывания белков с ДНК по этим кривым (чем выше температура диссоциации комплекса белок-ДНК, тем он стабильнее и тем выше сродство связывания). Анализ взаимодействия белок-ДНК с помощью generic микрочипа возможен и по сигналам ячеек микрочипа при постоянной температуре. Для исследования взаимодействия белка с однонитевой ДНК белок метят флуоресцентным красителем. Для исследования взаимодействия белка с двунитевой ДНК олигонуклеотиды микрочипа гибридизуют с верхней смесью флуоресцентно-меченных комплементарных олигонуклеотидов, и диссоциация полученных дуплексов регистрируется в присутствии и отсутствии немеченого исследуемого белка. |
|
||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
|
|||||||||||||
