|
||||||
 |
||||||
|
||||||
|
|
|
флуоресцентное маркирование олигонуклеотидов
Рук к.х.н. Чудинов А.В.
Группа занимается разработкой флуоресцентных меток, используемых в технологии биологических микрочипов. Разработана серия флуоресцентных полиметиновых красителей: индокарбоцианинового (ImD300) и индодикарбоцианинового (ImD500) ряда, аналоги красителей CY3 и CY5. В зависимости от заместителей красители ImD300 имеют максимумы поглощения 540-550нм, максимумы флуоресценции 560-570нм, коэффициенты молекулярной экстинкции 1,3*105, квантовый выход флуоресценции 5-15%. Красители ряда ImD500 имеют максимумы поглощения 640-655нм, максимумы флуоресценции 660-675нм, коэффициенты молекулярной экстинкции 1,3*105- 2,2*105 квантовый выход флуоресценции 5-35%. Красители могут быть использованы как индивидуально, так и парно с независимой регистрацией. Получены красители серии ImD300 и ImD500 различающиеся растворимостью в воде и суммарным электрическим зарядом от электропоожительного до дважды электроотрицательного. Разработана серия флуоресцентных красителей: диазабориндаценового ряда (ImD400). В зависимости от заместителей красители ряда ImD400 имеют максимумы поглощения 496-526нм, максимумы флуоресценции 504-532нм, коэффициенты молекулярной экстинкции 9*104, квантовый выход флуоресценции 70-90%. Интенсивность флуоресценции ImD400 в интервале 20-70оС не зависит от температуры. Все красители характеризуются узкими спектральными полосами поглощения и флуоресценции. Красители термо- и светостойки в условиях проведения анализов на биочипах. Для всех красителей серий ImD300, ImD400 и ImD500 получены активные производные - гидроксисукцинимидные эфиры. Праймеры маркированные этими красителями не ингибируют полимеразно цепную реакцию и не влияют на результаты гибридизации продуктов PCR с олигонуклеотидами иммобилизованными в ячейках биочипа. На основе красителей ImD300, ImD400 и ImD500 разработана серия флуоресцентно меченных трифосфатов нуклеозидов - производных дезоксиуридина (DUTP) и дезоксицитидина (DCTP). Флуоресцентно меченные DUTP и DCTP в ходе PCR эффективно встраиваются TAQ-полимеразой в ДНК. Для красителей ImD300 и ImD500 получена серия флуоресцентно меченных трифосфатов производных уридина (UTP), которые эффективно встраиваются в кРНК в результате синтеза с помощью фермента T7-полимеразы. Разработаны методы синтеза фосфорамидитов меченных красителями ImD300 и ImD500 - мономеров для автоматического олигонуклеотидного синтеза, позволяющих вводить флуоресцентную метку как по 5´ концу олигонуклеотидов, так и в середину цепи. Получены стеклянные носители (CPG) с привитым красителем для введения метки по 3´ положению олигонуклеотидов. Разработан метод получения недорогого стеклянного носителя для синтеза 3´ амино-олигонуклеотидов. |
|
||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
|
|||||||||||||
