В матричных молекулярных биочипах ячейки с иммобилизованными зондами расположены рядами M x L ячеек, причем в каждой отдельной ячейке иммобилизованы зонды с определенной специфичностью.
Схема матричного биочипа с иммобилизованными зондовыми макромолекулами. Стрелкой указан элемент биочипа, содержащий индивидуальные
зонды.
Ячейки имеют характерные размеры ~100 микрон, значения характерных концентраций анализируемых макромолекул находятся обычно в пределах ~1pM-10μM, а линейные размеры чипа ~1см.
Один из гелевых биочипов с иммобилизованной ДНК, производимых Лабораторией молекулярных биочипов ИМБ РАН.
В гелевых биочипах, разработанных в ИМБ РАН, зонды иммобилизуются в полусферических гидрогелевых ячейках с диаметром ~100 микрон. Иммобилизация осуществляется за счет образования ковалентных связей при облучении ультрафиолетовым излучением. Иммобилизуемые зонды наносятся на поверхность с помощью игольчатых растров (пинов) механического робота.
Схема изготовления матричного биочипа с иммобилизованными зондовыми макромолекулами.
Контроль качества нанесения осуществляется с помощью специализированной оптики и компьютерного анализа изображения.
Анализируемые молекулы в растворе метятся с помощью флуоресцентной метки (обычно в качестве красителей используются Cy3 и Cy5). Интенсивности флуоресценции из ячеек измеряются с помощью люминесцентного микроскопа, передающего сигнал на прибор с зарядовой связью.
Анализатор биочипов с портативным флуоресцентным микроскопом, разработанный в ИМБ РАН.
