Каждый из основных типов поверхностных и гелевых биочипов обладает своими достоинствами и относительными недостатками. В частности, кинетика гибридизации на поверхностных биочипах оказывается более быстрой, чем на гелевых чипах. Однако, на поверхностных чипах подложка вносит существенную неоднородность в молекулярные взаимодействия и приводит к «размазыванию» значений константы ассоциации при образовании комплексов между зондами и анализируемыми молекулами.

Чтобы избежать влияния поверхности, в большинстве матричных поверхностных олигонуклеотидных биочипов однонитевая зондовая ДНК является или продолжением дуплексного линкера длиной около 15-30 п.н., или продолжением одноцепочечного линкера типа поли-T. Как показывает анализ термодинамических взаимодействий, в отличие от поверхностных чипов, в гелевых биочипах взаимодействие между молекулами ДНК примерно такое же, как в растворе, и подобный линкер не требуется.

Более того, несмотря на несколько более медленную кинетику гибридизации в гелевых ячейках, как сигналы флуоресценции, так и дискриминация между совершенными и несовершенными комплексами оказываются выше в гелевых чипах уже на ранней стадии гибридизации.

Кинетику связывания на белковых микрочипах можно ускорить примерно в пять раз, используя перемешивание в растворе с помощью перестатического насоса, возбуждения поверхностных волн и др.